В структуру лаборатории входят пять основных групп сотрудников:

• группа химического анализа вод;
  
• группа химического анализа почв, донных отложений, растительных материалов на содержание тяжёлых металлов и микроэлементов;
  
• группа агрохимического анализа почв;
  
• группа хроматографических методов анализа;
  
• группа спектроскопических методов анализа.
  

На базе лаборатории функционирует ЦКП «Хроматография».

Руководство работой групп, организацию и функционирование системы менеджмента качества осуществляет заведующий экоаналитической лабораторией С. Н. Кострова. Менеджер по качеству экоаналитической лаборатории О. М. Зуева обеспечивает общее руководство работами в области качества путём взаимодействия с руководителями групп. Методической поддержкой при разработке и внедрении методик количественного химического анализа, их подготовкой к метрологической аттестации в лаборатории занимается старший научный сотрудник экоаналитической лаборатории, к.х.н. Е. В. Ванчикова. Руководство центром коллективного пользования «Хроматография» осуществляет ведущий научный сотрудник экоаналитической лаборатории, д.х.н. И. В. Груздев.