Отдел образован в 2005 году, куда вошли 3 лаборатории:

• Лаборатория (с 2018 г. – группа) экологии наземных позвоночных
• Лаборатория (с 2018 г. – группа) ихтиологии и гидробиологии
• Лаборатория (с 2018 г. – группа) экологии наземных и почвенных беспозвоночных

Руководители отдела:

Пономарев Василий Иванович, к.б.н. – 2005-2007 гг.,

Долгин Модест Михайлович, д.б.н., проф. – 2007-2018 гг.

Пономарев Василий Иванович, врио заведующего отделом, к.б.н. – 2018 г. - по настоящее время