Гербарий был основан в 1941 г. виднейшим отечественным ботаником А.И. Толмачевым.
Активное изучение флоры региона началось в 50-60-ые годы (Производительные силы Коми АССР, 1954; Определитель высших растений Коми АССР, 1962; Юдин, 1963). К 1963 г. фонд гербарной коллекции составил 62000 образцов.
В 70-ые годы под руководством А.И. Толмачева специалисты лаборатории геоботаники и систематики растений Коми филиала АН СССР (А.А. Дедов, Т.П. Кобелева, А.Н. Лащенкова, В.А. Мартыненко, Н.И. Непомилуева, С.А. Токаревских, З.Г. Улле) участвовали в издании фундаментальной сводки «Флора северо-востока европейской части СССР» (1974-1977). Материал по целому ряду таксонов был обработан крупнейшими систематиками: А.И. Толмачевым, Н.Н. Цвелевым, Т.В. Егоровой, Л.И. Иваниной, Н.А. Миняевым, Н.И. Орловой, В.Н. Тихомировым, А.К. Скворцовым, А. Мяэметс.
К 1980 г. в фонде насчитывалось свыше 100000 образцов. Поступила большая (свыше 3000 образцов) коллекция дублетов из Архангельской области и Республики Коми с кафедры ботаники ЛГУ.
В 1980-1990-е гг. продолжалось пополнение гербария сборами из Среднего и Южного Тимана, Урала, бассейнов Мезени, Цильмы, Ижмы, Средней Вычегды, юга Республики Коми (Непомилуева, 1974; Лащенкова, Улле, 1978, 1985; Мартыненко, 1974, 1989, 1996; Мартыненко, Дегтева, 2003).
Результатом исследований А.Н. Лавренко, З.Г. Улле, Н.П. Сердитова, А.А. Кустышевой на Полярном, Приполярном и Северном Урале (1979-1992) явилась коллекция Уральского гербария (свыше 10000 образцов) (Лавренко, 1994). Основная ее часть документирует флору Печоро-Илычского биосферного заповедника (Лавренко и др., 1995; Флора и растительность.., 1997; Кучеров и др., 2002).
С 2000 г. продолжается пополнение коллекции сборами с территории Республики Коми, Ненецкого автономного округа, Мурманской области (Тетерюк, Канев, 2001; Улле, Патова, 2002; Биологическое разнообразие ООПТ РК, 2004-2015; Кириллова, 2010; Полетаева и др., 2014 а,б; Флоры, лихено- и микобиты…, 2016). Основные коллекторы: В.А. Канев, С.В. Дёгтева, Б.Ю. Тетерюк, Е.Е. Кулюгина, И.В. Самарина.
В 2014 г. поступила коллекция эксикат (382 листа) из Гербария Ботанического института РАН (LE, Санкт-Петербург).
В настоящее время коллекция насчитывает более 210000 образцов сосудистых растений, из которых около 160000 доступно для посетителей.
Материалы гербария SYKO были использованы при подготовке флористических сводок «Арктическая флора СССР» (1960-1987), «Флора европейской части СССР» и «Флора Восточной Европы» (1974-2004), «Atlas Florae Europaeae» (Атлас флоры Европы) (1971-2018), Красных книг Республики Коми (1998, 2009) и Ненецкого автономного округа (2006). Материалы гербария явились основой для написания «Определителя высших растений Коми АССР» (1962), «Флоры северо-востока европейской части СССР» (1974-1977), «Флоры листостебельных мхов европейского Северо-Востока» (1994), «Флоры Печоро-Илычского биосферного заповедника» (1995), «Предварительного списка видов лишайников Республики Коми» (1998), а также книг «Редкие и нуждающиеся в охране животные и растения Коми АССР» (1982) и «Красной книги Республики Коми» (1998, 2009).
Для хранения и обработки информации об имеющихся образцах сосудистых растений с 2012 г. ведется работа по созданию и наполнению электронного каталога и БД гербарной коллекции.
С самого основания гербарий не имел собственного штата и являлся частью ботанических подразделений Института биологии, которыми последовательно заведовали А.А. Дедов, Н.С. Котелина, В.А. Мартыненко, С.В. Дёгтева. В настоящее время гербарий входит в состав отдела флоры и растительности Севера Института биологии (зав. отделом д.б.н. С.В. Дёгтева). Научный гербарий Института биологии зарегистрирован в международной системе Index Herbariorum под акронимом «SYKO» и включен в список «Генетические и биологические (зоологические и ботанические) коллекции РФ». Основная специализация Научного гербария – документация флоры споровых и сосудистых растений, лихенобиоты и микобиоты европейского северо-востока России.