Инструменты пользователя

Инструменты сайта


otvety_na_voprosy_o_celesoobraznosti_publikacii_stati

вернуться на главную

Вопросы о целесообразности открытой публикации баз данных

Вопрос. Открытая публикация полной базы данных по редким видам Красной книги Республики Коми не повредит ли дальнейшим исследованиям? Особенно остро этот вопрос стоит для растений, поскольку мы «сливаем» не только свои личные данные, но и накопленные за 75 лет работы несколькими поколениями исследователей.

Вопрос. При составлении карт распространения некоторых видов сотрудниками были включены точки, которые еще не опубликованы и гербарные образцы не сданы в коллекцию. Если готовится статья по какому-то району с новыми находками, не будет ли помехой данная публикация?

Ответ

Публикация полной базы данных (с огрубленными координатами) не может повредить дальнейшим исследованиям авторов базы данных. Наоборот, затягивание с открытой публикацией приведет к потере приоритета этих авторов. Доступ к любой биологической коллекции открыт для любого исследователя, включая студентов. Если не сотрудники института опубликуют информацию, содержащуюся в коллекциях, то это неизбежно сделают другие исследователи из других учреждений.

Публикация набора данных в GBIF, публикация статьи о данных ни в коей мере не препятствует публикации классических научных статей.

Еще раз подчеркну, что статья о данных принципиально отличается от традиционной научной статьи. В статье о данных не проводится анализ данных, не проверяется гипотеза, не выявляются закономерности. В статье о данных подробно описывается структура набора данных и процедуры, которые привели к появлению этого набора.

Затягивание процесса публикации своих первичных данных может привести к тому, что приоритет будет утрачен. Например, из-за быстро набирающего популярность приложения iNaturalist (inaturalist.org). Любой любитель природы, турист, вооруженный мобильным телефоном или gps-навигатором с фотоаппаратом может собирать первичные данные по биоразнообразию и мгновенно их публиковать в сети. Находки таких любителей после получения независимого подтверждения идентификации, автоматически публикуются в GBIF.

Вопросы о целесообразности разделения набора данных и статьи на две части

Вопрос. На наш взгляд предпочтительнее опубликовать две статьи – по животным и растениям.

Ответ

Идея разделить набор данных на отдельные крупные систематические группы логична, но у меня три возражения:

а) По условиям конкурса необходимо опубликовать сведения минимум о 5000 новых (ранее неопубликованных в GBIF) находках видов. Не уверен, что по всем систематическим группам Красной книги РК мы сможем набрать такое количество находок. На вебинаре, который проводил Секретариат GBIF совместно с издательством Pensoft (https://youtu.be/DE3dt_ZL_s4) нас уверили, что если набор видов будет особенно значимым для сохранения биоразнообразия, то критерий числа находок может быть снижен.

б) Набор данных, содержащий информацию о находках всех видов, включенных в конкретное издание Красной книги Республики Коми более ценен, чем серия отдельных наборов данных и публикаций посвященных одной теме.

в) GBIF и Pensoft категорически будут возражать (об этом тоже было сказано на вебинаре) против дробления тематически единых наборов данных.

Вопросы о ранее опубликованных наборах данных и готовящихся к публикации наборов данных, включающих в себя находки редких видов

Вопрос. Редкие виды жужелиц вошли в датасет по жужелицам европейского северо-востока России (включая Республику Коми и НАО) на платформе GBIF, в случае новых находок и после полевых работ датасет обновляется, и все точки с новой Красной Книги уже есть в этом датасете!

Вопрос. (с сокращениями, полный текст в письме А.А. Колесниковой). Данные о редких многоножках Республики Коми входят в готовящийся датасет по почвенным беспозвоночным европейского северо-востока России (включая НАО, РК, Кировскую обл.) для GBIF. Эта работа проводится не только нами, но и коллегами из других регионов, так как она входит в одно из актуальных на данный момент и в перспективе исследований почвенных зоологов РФ (в Москве хотят создать платформу по глобальному почвенному биоразнообразию РФ). По этим причинам мы считаем неэтичным дублировать информацию с одних датасетов GBIF на другом датасете этой же платформы…

Вопрос. I asked herbarium in Uppsala about GBIF. They answer me that most all samples of lichens and fungi from Komi are in the GBIF database.

Вопрос. Как быть, если часть находок краснокнижных видов уже опубликована в GBIF (например, Mythicomyces corneipes всего две находки в Коми и они уже есть в базе GBIF).

Ответ

По определению статья о данных может содержать описание не одного, а нескольких наборов данных: «A data paper is a searchable metadata document, describing a particular dataset or a group of datasets, published in the form of a peer-reviewed article in a scholarly journal» (https://www.gbif.org/data-papers).

Если авторы уже опубликованных наборов данных, содержащих находки видов Красной книги РК 2019, являются авторами предлагаемой статьи, то описание этих наборов данных может быть включено в текст нашей статьи.

Если авторы таких наборов данных не входят в наш авторский коллектив, то мы можем и должны дать ссылки на все наборы данных, опубликованные в GBIF, в которых есть информация по видам из Красной книги РК 2019.

Дублирование данных в GBIF крайне нежелательно. Есть способы, как избежать такой ситуации или исправить ее, если она возникла.

Вопросы о способах подтверждения находки

Вопрос. Могут ли считаться подтвержденными данными для GBIF сведения анкетных и устных опросов?

Ответ

Находки вносятся в базу данных на основе любых свидетельств. Для каждой находки обязательно указывается лицо, которое произвело запись о находке и лицо, отвечающее за идентификацию вида. Методики сбора данных и идентификации могут быть описаны подробно как в разделе «Метаданные» набора данных, так и в самой статье о данных.

Вопросы о номенклатуре

Вопрос. Номенклатурные сложности возникнут с несоответствием традиционных (зачастую устаревших) названий видов в нашей Красной книге (включая видовое и родовое имя, а иногда и принадлежность к определенному семейству), тем латинским названиям, которыми пользуется GBIF (а так же другие платформы, например The Plant List, World Flora Online). Самыми «горячими точками» в этом плане будут эндемики Урала. Например, гусиный лук ненецкий Gagea samojedorum Grossh. (статус 3) может выпасть из списка эндемиков, т.к. в GBIF этот вид приведен как Gagea fragifera (Vill.) Ehr.Bayer & G.López, а это в свою очередь таксон из широко распространенного комплекса Gagea liotardii (Sternb.) Schult. & Schult.f. Таких примеров в КК много. Однако в работе на английском языке для мировой общественности это надо иметь в виду.

Вопрос. Поскольку при составлении раздела по сосудистым растениям в Красной книге республики были приведены названия, актуальные для России, в том числе с учетом последних систематических сводок и изменений, при внесении в GBIF возникнут сложности с номенклатурой. Названия видов, родов, семейств в нашей Красной книге частично не соответствуют латинским названиям, которыми пользуется GBIF (а также другие платформы, например The Plant List, World Flora Online). Т.е. часть информации по Красной книге будет утеряна… И как делать анализ материалов для статьи в данном случае?

Ответ

GBIF принципиально отказывается участвовать в спорах по систематике и таксономии. Для интеграции данных по одному и тому же виду из разных наборов данных GBIF использует внутреннюю (вспомогательную) систему GBIF Backbone Taxonomy (https://www.gbif.org/dataset/d7dddbf4-2cf0-4f39-9b2a-bb099caae36c). Задача GBIF Backbone Taxonomy охватить как можно большее число наиболее авторитетных списков видов, таксономических сводок, баз данных (в настоящий момент 59 источников). Основу его составляет Catalogue of Life (3 824 512 записей).

Перед публикацией данных мы с помощью сервиса GBIF «Species matching» (https://www.gbif.org/tools/species-lookup) сверим свой список видов с GBIF Backbone Taxonomy. С помощью этого сервиса можно выявить опечатки в латыни и проверить интерпретацию статуса названия (accepted, synonym, doubtful) согласно упомянутым выше источникам. GBIF оставляет за исследователем право использовать те названия видов, которые автор считает необходимым. В статье можно обсудить причины, по которым авторы считают необходимым использовать выбранные ими названия видов.

Вопросы про авторство

Вопрос. Если я правильно понимаю, прежде чем оформить статью в BDJ, надо разместить пакет данных в GBIF. Предусматривает ли публикация в GBIF этикеток, с указанием авторов сбора гербарных образцов. Сейчас очень сложно будет свести координаты находки с авторами сборов.

Ответ

Безусловно, сначала публикуется набор данных в GBIF, затем статья направляется в журнал. Готовить набор данных и рукопись статьи к публикации можно параллельно, но перед направлением статьи в журнал в текст рукописи должна быть вставлена ссылка на опубликованный набор данных.

Запись о каждой находке должна сопровождаться указанием лица, сделавшего запись о находке вида и лица, отвечающего за идентификацию вида.

Сложность работы по сопоставлению находок видов сосудистых растений с именами коллекторов оценим в ближайшее время.

Вопрос. С 20 записями (0,4% от общего объема в 5000 записей) участвовать нам не имеет смысла, потому что это неправильно по отношению к коллегам…

Ответ

Авторский коллектив статьи, посвященной находкам видов, включенных в Красную книгу РК 2019, должен, как минимум, включать всех составителей этого издания.

Опираясь на свой опыт публикации статьи о данных, рекомендую помимо набора данных о находках видов (Occurrences) опубликовать также список видов (CheckList), который гораздо удобнее для многих научных и прикладных целей. Считаю неоспоримым, что все лица, причастные к формированию списка видов (даже одного вида с единственной находкой на территории РК), включенных в Красную книгу РК 2019, должны быть в авторском коллективе предлагаемой статьи.

Вопрос. Коллектив авторов, конечно же, необходимо дополнить инженерами и лаборантами, которые огромное количество времени потратили на подготовку материалов для Красной книги.

Ответ.

Я всегда за то, чтобы включать в состав авторского коллектива всех тех, без кого данное произведение не могло появиться на свет. На мой взгляд, решение о том, кого включить в состав авторов, могут принять те лица, которые указаны в качестве составителей Красной книги РК 2019. В спорных случаях решение я бы оставил за главным редактором Красной книги РК 2019 – С.В. Дёгтевой, которая, на мой взгляд, должна быть первым автором статьи и автором для корреспонденции.

Вопросы о количестве находок видов, включенных в Красную книгу Республики Коми

Вопрос. Однако, 5000 видов набрать, ранее не опубликованных в GBIF крайне сложно… Подтверждение у нас (по бабочкам, стрекозам и прямокрылым) будет и по фото, и по литературе, и по коллекционному материалу (по каким есть).

Вопрос. Хотел бы уточнить 1 момент, включены будут только виды из основного списка КК РК или ещё и бионадзор?

Вопрос. По поводу видов дополнительного списка (Приложения 1). Этих данных у Л.Н. Рыбина нет, мы их не подавали. И в нынешних условиях для нас будет достаточно сложно подготовить этот дополнительный (большой) массив данных.

Вопрос. Как запасной вариант (если не сможем набрать необходимые 5000 новых записей) - можно наверное дать сведения о находках краснокнижных видах в других регионах? По подтверждениям находок, насколько понимаю, нет особой строгости. По крайней мере находки грибов цитируются в GBIF иногда без указания гербарных номеров и без фото. Иногда бывает, что уже по фото видно, что вид не тот:)

Вопрос. И в случае с более широко распространенными видами (например, для ветреника пермского) можно ли дополнить данные о распространении по фотографиям, полевым наблюдениям и др. источникам? Таким способом можно соблюсти число находок для статьи в целом (чтобы было 5000).

Комментарий. В переписке возникали сомнения, что не наберется 5000 наблюдений. Я думаю, что эта цифра реальна. Например, у нас только по лобарии легочной около 700 записей (гербарные образцы и полевые наблюдения). По остальным видам значительно меньше, но по некоторым есть порядка 30-70 записей.

Комментарий. Руководители конкурса отметили, что наборы данных необязательно должны подтверждаться коллекционными/ гербарными образцами. В связи с этим, координаты находок редких видов можно увеличить числом точек для одного вида. Например, для ветреника пермского, реальных местонахождений которого на Урале можно зафиксировать в несколько тысяч, можно «наточковать» по всем хребтам. Новая локальная популяция = новая точка. К тому же можно использовать фотографии, которых очень много, а вот гербарий мы берем ограниченно, максимум несколько листов с одной точки привозим. Поэтому подтвержденных точек на карте в КК на самом деле не так много, как в реальности. Таким способом можно увеличить число находок для статьи в целом (чтобы было 5000).

Комментарий. В дополнение данных которые передавались Светлане Владимировне при подготовке Красной книги, у нас создана более обширная база данных по встречам редких видов на территории РК с учетом сведений полученных в ходе экспедиционных работ и анкетного опроса.

Ответ

Коллеги, на этом этапе оценить количество новых находок видов Красной книги РК 2019 очень сложно. В ближайшее время мы Леонидом Николаевичем Рыбиным попробуем это сделать. В любом случае организаторы конкурса заявили, что для особо значимых наборов данных, к которым относятся наборы данных по редким видам, требования могут быть смягчены.

Считаю необходимым публиковать находки только по видам, включенным в Красную книгу РК 2019, без видов, включенных в приложение 1.

Находки необязательно подтверждать коллекционными сборами. В качестве подтверждений могут использоваться просто заявление исследователя, что он видел такой-то вид в такой-то точке в такое-то время. Ответственность лежит на этом исследователе, имя которого будет зафиксировано в полях «RecordedBy», «IdentifiedBy».

Кроме того, выше приведены комментарии коллег, которые видят возможность увеличить количество находок.

Вопросы об огрублении координат

Вопрос. Открытая публикация базы данных по редким видам может быть использована ЛЮБОЙ организацией для написания следующего издания Красной книги РК (такие примеры уже есть на территории РФ), а так же может быть использована для подготовки отчетов по хоздоговорным работам (координаты редких видов в районе изысканий), сводок по наличию видов на ООПТ региона (Центр ООПТ больше к нам не обратится за такой информацией) и т.д. Какое мнение администрации по этому поводу?

Вопрос. Каким образом будет осуществляться «огрубление» данных, непосредственно самими авторами очерков или как-то автоматически в графической программе?

Вопрос. По поводу «огрубления» координат. До какой степени? В картах для Красной книги многие близко расположенные местонахождения вида сливались в одну точку из-за масштаба карт. В связи с этим возникает вопрос - достаточно ли для каждой точки на карте распространения КК РК для очень редких видов привести 1 запись?

Ответ

В сети есть рекомендации по огрублению чувствительных для сохранения биоразнообразия данных (координаты, текстовые описания местонахождений редких видов): https://repository.oceanbestpractices.org/handle/11329/605

Общая рекомендация — указывать координаты с точностью до десятых градуса (погрешность около 10 км). Например, координаты здания Института биологии: 61.665611, 50.821609 в этом случае будут представлены так: 61.7, 50.8. Попробуйте сравнить точность указания этого местоположения, введя эти координаты в окно поиска сервисов ЯндексКарты, или GoogleMaps.

Использование загрубленных до 10 км данных невозможно при подготовке отчетов по хозяйственным договорам для конкретных производственных территорий. Если государственные учреждения смогут без нашей помощи составлять списки охраняемых видов на интересующие их территории, то это можно только приветствовать. За эту работу нашим сотрудникам отдельные выплаты не производятся. Возможность подготовки нового издания Красной книги Республики Коми в 2029 году, опираясь на наш загрубленный набор данных десятилетней давности, считаю сомнительной.

Вопросы о недостатке времени на подготовку статьи

Вопрос. В апреле на вебинаре от Pensoft & GBIF прозвучало, что уже подано около 10 заявок для участия в конкурсе. Рассматривать их будут в августе. То есть осталось два месяца. С учетом режима дистанционной работы, отсутствием доступа к Гербарию (заклеены все шкафы) и запланированными экспедициями - времени становится еще меньше. Некоторая информация по распространению растений и координатам уточнялась в последний момент, карты «чистили» вручную, поэтому у Л.Н. Рыбина могут быть неточности. Надо иметь это ввиду.

Вопрос. Каким образом будет организована работа и успеем ли в срок, насколько я поняла, срок подачи статьи – август? Остается два месяца, многие идут в это время в отпуск и полевые выезды пока не отменены. Если по грибам не такой большой объем информации, то по другим группам объем очень большой (если вспомнить подготовку рукописи Красной книги).

Вопрос. В группе сосудистых растений очень много записей и мало возможностей в данный момент их корректировать. Гербарий и кабинеты третьего этажа нашего корпуса законсервированы, сотрудники летом будут в экспедициях, у кого-то на июнь-июль запланированы отпуска. При составлении Красной книги мы использовали для составления карт только координаты. Если необходимо будет забивать в GBIF полностью этикетки, с указанием всех полей, мы не справимся. Можно, конечно, использовать электронную БД Гербария, но на данный момент в ней остались невыверенными данные по видам, которые готовила З.Г. Улле. Этот вопрос поднимался во время подготовки материалов КК РК, но остался нерешенным.

Ответ

Считаю, что нужно приложить все усилия для подготовки набора данных и рукописи статьи в сжатые сроки. Если мы не успеем к назначенному сроку, то мы можем направить эту статью для публикации в обычном, очередном номере BDJ.

Специальный вопрос

У меня вопрос: надо ли включать точки, в которых в ходе мониторинга было установлено, что местообитание было уничтожено, соответственно вид исчез?

Ответ

В данном случае должны быть минимум две записи: одна с находкой вида и вторая, более поздняя запись о том, что в этом месте вид больше не встречается. Внесение таких данных возможно.

otvety_na_voprosy_o_celesoobraznosti_publikacii_stati.txt · Последнее изменение: 2020/09/10 08:15 — rb_root